De tariefstructuur van Thalys lijkt op een structuur zoals die wordt gebruikt in de luchtvaart: hoe eerder wordt geboekt en hoe restrictiever het ticket is, des te lager is de prijs. Flexibele tickets (Flex) zijn relatief het duurst. Er zijn ook semi-flexibele tickets (maximaal één keer om te ruilen en te boeken tot uiterlijk twee weken voor vertrek), de zogenaamde SemiFlex-tickets. Fixed-tickets (No-Flex) zijn tot uiterlijk twee weken voor vertrek te boeken, slechts beperkt beschikbaar, kunnen niet omgeruild of gerestitueerd worden en zijn bovendien alleen beschikbaar voor de tweede klasse (Comfort 2).
SemiFlex-tickets geven in Comfort 2 ook gratis toegang tot het internet, voor reizigers in Comfort 1 is dit eveneens inbegrepen in de prijs, evenals de catering aan de zitplaats. Voor No-Flex-tickets moet betaald worden voor het internet. Voor reizen van/naar België is het Elk Belgisch Station-supplement te koop, waarmee van of naar een Belgisch station naar keuze gereisd mag worden voor een meerprijs. Voor de stations in de zone Antwerpen, Brussel of Luik is dit supplement niet verplicht<ref>[https://www.thalys.com/nl/nl/aanbiedingen-en-tarieven/elk-belgisch-station Het Elk Belgisch Station-aanbod van Thalys op Thalys.com]</ref>.
Thalys heeft ook abonnementen, Thalys ThePass genaamd. Deze kaarten geven geen onbeperkt onbeperkte toegang tot de treinen, maar geven 50% korting op tickets gedurende de gehele week of in het weekend en bieden meer flexibiliteit dan met de normale tickets. Er is ook een speciaal abonnement voor Brussel - Parijs v.v., waarmee tickets tussen die twee steden altijd 30 euro kosten.<ref>[https://www.thalys.com/nl/nl/aanbiedingen-en-tarieven/thepass Thalys ThePass op Thalys.com]</ref>
Daarnaast heeft Thalys nog een loyaliteitsprogramma, Thalys TheCard genaamd, geïnspireerd op de frequent flyer-programma's van luchtvaartmaatschappijen. Deelname hieraan is gratis. Een deelnemer start op het Silver-niveau en verdient één Mile per bestede euro. De Miles kunnen worden ingewisseld voor gratis tickets. Frequente reizigers (vanaf 10 ritten per jaar) kunnen een hoger niveau bereiken en verdienen dan twee Miles per euro en kunnen profiteren van extra diensten. Met Thalys TheCard is het bovendien mogelijk om zonder papieren ticket te reizen, de tickets kunnen dan worden uitgelezen vanaf de clubkaart, die wordt toegezonden na de eerste boeking.<ref>[https://www.thalysthecard.com/home/thalys_thecard_nlog_nl Thalys TheCard]</ref>
In Duitsland zijn tickets voor Thalys vanaf juni 2013 niet meer te boeken bij verkooppunten van de [[Deutsche Bahn]], maar alleen bij speciale Thalys-verkooppunten. In Nederland zijn tickets voor Thalys onder meer verkrijgbaar via [[NS International]].