Op [[CN Dienstregeling 1987/1988|31 mei 1987]] werd de frequentie over het hele traject teruggebracht naar 1x/uur. De meeste vervallen ritten werden opgenomen in [[Lijn 41 Utrecht Centraal Station - Wijk bij Duurstede Busstation|lijn 41]], die aanmerkelijk vaker ging rijden; een halfuursdienst in de daluren en een kwartierdienst in de spitsuren. 1x/uur werden de ritten overgenomen door [[Lijn 43 Utrecht Centraal Station - Driebergen Station Driebergen-Zeist|lijn 43]], die ging rijden tussen Utrecht, Odijk en Driebergen.
Op [[CN Dienstregeling 1993/1994|23 mei 1993]] werd een flinke bezuinigingsslag doorgevoerd. Op zondag werd de frequentie teruggebracht naar drie ritten in beide richtingen, als vervanging ging [[Lijn 41 Utrecht Centraal Station - Wijk bij Duurstede Busstation|lijn 41]] bijna de gehele zondag elk half uur in beide richtingen rijden. Alleen als '''lijn 40''' reed, viel één slag van de 41 uit.
Bij het ingaan van de [[Midnet Dienstregeling 1994/1995|dienstregeling 1994/1995]] op [[Midnet Dienstregeling 1994/1995|29 mei 1994]] werd '''lijn 40''' ingekort tot het traject [[Utrecht Centraal]] - Odijk. Slechts in de ochtendspits kwamen nog 4 ritten uit Wijk bij Duurstede en in de middagspits reden 3 ritten naar Wijk bij Duurstede. Op de parallel lopende [[Lijn 41 Utrecht Centraal Station - Wijk bij Duurstede Busstation|lijn 41]] werden enkele extra ritten toegevoegd. Aanvankelijk reed [[Lijn 41 Utrecht Centraal Station - Wijk bij Duurstede Busstation|lijn 41]] nog via het dorp Werkhoven vanwege het ontbreken van een halte aan de Provincialeweg.