Thalys maakt gebruik van een eigen tariefstructuur met gefixeerde prijzen, vooraf reserveren is bovendien verplicht. Thalys kan in Nederland worden gebruikt voor binnenlandse reizen, maar deze tarieven worden niet online verkocht.
De tariefstructuur van Thalys lijkt op een structuur zoals die wordt gebruikt in de luchtvaart: hoe eerder wordt geboekt en hoe restrictiever het ticket is, des te lager is de prijs. Vanaf december 2017 heeft Thalys bovendien drie service-niveau's in plaats van de gebruikelijke twee. De voormalige eerste klas (Comfort 1) is gesplitst in Comfort en Premium, de oude tweede klas (Comfort 2) werd Standard. Een deel van de diensten die voorheen inbegrepen waren bij Comfort 1, zoals kranten en een maaltijd aan de zitplaats zijn voortaan exclusief voor Premium-reizigers beschikbaar. Reizigers in alle serviceniveau's hebben een stopcontact bij de zitplaats en toegang tot Wifi. Bij de seizoenstreinen blijft het tweeklassensysteem met Comfort 1 en 2 van toepassing.
Het goedkoopste tarief is Standard Mini. Deze tickets zijn echter niet omwisselbaar en kunnen niet worden terugbetaald. Dit kan wel met Standard en Comfort, maar hier zijn wel kosten aan verbonden. Bij Premium zijn tickets wel zonder kosten omwisselbaar en kunnen deze ook volledig worden terugbetaald. Er zijn daarnaast regelmatig aanbiedingen beschikbaar, die speciale boekingsvoorwaarden kunnen hebben.