Op [[Dienstregeling concessie Stadsvervoer Amsterdam 2006|28 mei 2006]] ontstond de huidige lijn 49 toen de verbinding tussen Amsterdam-Zuidoost en Weesp aan het GVB werd overgedragen. Voordien reed hier Connexxion, op het laatst met [[Lijn 177 Diemen Noord - Weesp Station NS|lijn 177]].
Op [[Dienstregeling concessie Stadsvervoer Amsterdam 2007|10 december 2006]] werd de lijn verlegd naar het op die datum geopende busstation bij station Bijlmer ArenA geopend. Hierdoor kwam de lus via Hoogoorddreef, Flierbosdreef en Bijlmerdreef te vervallen.
{{RouteTopSpoiler|Voormalige route rond Station Bijlmer|
{{RouteRijStation| {{Rimg|0sTr}} | Amsterdam|Amsterdam Bijlmer ArenA|Amsterdam, Station Bijlmer|<small>(op de Foppingadreef)</small>}}