Bij de grote herziening van het busnet op [[Dienstregeling concessie Stadsvervoer Amsterdam 2006|28 mei 2006]] verdween lijn 59 en werd opgevolgd door lijn 41. Lijn 41 begon bij de Gaasperplas en reed daarvandaan via de Kromwijkdreef, Karspeldreef, 's-Gravendijkdreef, Bijlmerdreef, Dolingadreef, Station Duivendrecht, Stationsweg, Rijksstraatweg, Telstarweg, Satelietbaan, Van der Madeweg en Randweg naar de Rozenburglaan en vanaf daar via dezelfde route als de 59 naar de KNSM-laan.
Op [[Dienstregeling concessie Stadsvervoer Amsterdam 2006|11 augustus 2006]] werd richting Gaasperplas de halte ''Anton de Komplein'' toegevoegd.
In december 2009 is [[Lijn 41 Amsterdam, Gaasperplas - Muiderpoortstation|lijn 41]] ingekort tot het Muiderpoortstation. [[Lijn 65 Amsterdam, Station Zuid - KNSM-eiland|Lijn 65]] heeft de verbinding naar het KNSM-eiland die tot die tijd geboden werd overgenomen.