Op [[Dienstregeling concessie Haaglanden Streek 2012|11 december 2011]] kwam het traject naar de Merenwijk van [[Lijn 45 Den Haag Centraal Station - Leiden Merenwijk|lijn 45]] te vervallen. Voortaan zou '''lijn 45''' tussen de stations [[Leiden Centraal]] en [[Den Haag Centraal]] rijden, de dienstregeling bleef hierbij nagenoeg ongewijzigd. Het vervallen traject tussen station [[Leiden Centraal]] en de Merenwijk werd overgenomen door de stadslijnen [[Lijn 13 Leiden, Station De Vink - Merenwijk|13]] en [[Lijn 14 Leiden, Zuid-West - Merenwijk|14]]. Het door hen verlaten traject naar Leiderdorp Leyhof werd juist weer overgenomen door [[Lijn 15 Leiden Centraal Station - Leiderdorp Brandwacht|lijn 15]].
Per [[Dienstregeling concessie Haaglanden Streek 2013|9 december 2012]] zijn vervielen in Voorschoten de haltes ''Vlietwijk'' en ''Nieuw Voordorpstraat'' vervallen, dit had vermoedelijk te maken met de concurrentie van [[Arriva Nederland|Arriva]] voor het stadsvervoer in Leiden. De lijnen [[Lijn 5 Voorschoten Hofvliet - Leiderdorp Brandwacht|5]], [[Lijn 6 Voorschoten Hofvliet - Leiderdorp Brandwacht|6]] en [[Lijn 46 Den Haag Centraal Station - Voorschoten Nieuw Voordorpstraat|46]] bedienen bleven deze haltes nog welbedienen, de laatste echter '''alleen''' richting Den Haag.
{{RouteTopSpoiler|Voormalige route via de Vlietwijk |
{{RouteRij| {{Rimg|rsr}} | Voorschoten, Centrum}}
Vanaf [[Dienstregeling concessie Haaglanden Streek 2013|1 september 2013]] werd de helft van het aantal ritten op lijn 45 overgenomen door [[Arriva Nederland|Arriva]] (uit de concessie [[Concessie Zuid-Holland Noord (2013-2024)|Zuid-Holland Noord]]), voorheen werden alle ritten door [[Veolia Transport]] gereden.
Vanaf [[Dienstregeling concessie Haaglanden Streek 2015|15 februari 2015]] worden werden geen verkorte ritten meer gereden tussen Den Haag/Leiden - Leidschendam. Nadat de remise in Leidschendam gesloten werd, verviel de noodzaak om hier bussen te stallen en zodoende ook dat hier nog ritten eindigeneindigden. Alle Sindsdien begonnen of eindigden alle ritten starten of eindigen sindsdien voortaan op de reguliere begin- en eindpunten [[Den Haag Centraal]] en [[Leiden Centraal]].
Op [[Dienstregeling concessie Haaglanden Streek 2017|11 december 2016]] droeg [[Veolia Transport]] de exploitatie van alle buslijnen in [[Concessie Haaglanden Streek (2009-2019)|Haaglanden]] over aan [[Connexxion]]. De samenwerking met [[Arriva Nederland|Arriva]] op deze lijn bleef intact.
Vanaf [[Dienstregeling concessie Haaglanden Streek 2021|3 januari 2021]] werden alle ritten door EBS gereden.
Vanaf [[Dienstregeling concessie Haaglanden Streek 2023|8 januari 2023]] ging deze lijn niet meer via de Breestraat rijden, maar via de Hooigracht en de Pelikaanstraat. Daardoor kwamen de haltes Korevaarstraat, Breestraat, Steenstraat, Prinsessekade en Nieuwe Beestenmarkt voor deze lijn te vervallen en in plaats daarvan werden de nieuwe haltes Hogewoerd, Pelikaan en Energiepark en de bestaande halte Leiden Centraal Westzijde bediend. De haltes in de Breestraat bleven bediend worden door stads- en streeklijnen van Arriva.
{{RouteTopSpoiler|Voormalige route via de Breestraat |
{{RouteRij| {{Rimg|rsr}} | Leiden, Leliestraat}}