Vanaf [[Dienstregeling Regio Nijmegen 1998/1999|24 mei 1998]] kreeg lijn 91 het nieuwe busstation in Uden als eindpunt. De haltes Sportcentrum, Veldmolenweg waren al voor 1997 vervallen en in plaats hiervan reed lijn 91 via de Losplaats. Op werkdagen overdag gingen de ritten tot Cuijk of Haps doorrijden naar Mill. In de middag gingen enkele ritten tussen Nijmegen en Uden rijden als lijn 91.
Per [[Dienstregeling Regio Nijmegen 2000/2001|28 mei 2000]] werden de lijntaxi's weer opgeheven; een groot aantal ritten reed weer onder het normale lijnnummer 91. Op werkdagen in de vakantieperioden werd de frequentie tussen Nijmegen en Mill gehalveerd tot 1x per uur. Op zaterdag ging de frequentie over het gehele traject omlaag naar 1x per 2 uur, de ritten van Nijmegen naar Haps vervielen evenals de ritten in de avonduren. Op zondag werd de late avondrit vanuit Mill voortaan in de ochtend gereden, verder bleef de frequentie gelijk. De route via het Centrum en Heyendaalseweg verviel, lijn 91 ging via de Sint Annastraat rijden. In Uden werd de halte Volkelseweg toegevoegd.
In 2002 ging Bij de invoering van de concessiesystematiek kwam de lijn in de concessie concessies [[Concessie Noord-Brabant Oost|Noord-Brabant van Hermes naar Oost]] en [[BBAConcessie KAN Zuid|KAN Zuid]]te liggen. Lijnen die De aanbesteding van de concessie Noord-Brabant Oost werd gewonnen door de concessiegrenzen overschreden bleven aanvankelijk intact en Hermes en BBA werkten samen in , waardoor de exploitatie van deze lijnenlijn vanaf 1 januari 2002 formeel onder twee vervoerders viel. Omdat de BBA echter meer tijd nodig had voor de implementatie, bleef Hermes bleef een aantal lijnen rijden, waaronder lijn 91 geheel verzorgen. In de loop van 2002 werd er in Nijmegen via de nieuwe busbaan (Campusbaan) tussen het Centraal Station en de Sint Annastraat gereden. De route via de Stijn Buysstraat kwam zo te vervallen.
{{RouteTopSpoiler | Voormalige route in Nijmegen, gewijzigd op of voor 25 augustus 2002 |
{{RouteRij | {{Rimg|0sTr}} | [[Nijmegen|Nijmegen, Station NS]]}}
}}
Op [[Dienstregeling concessie Oost-Brabant 2002|25 augustus 2002]] ging de eerste nieuwe dienstregeling van de BBA van start. Vermoedelijk nam de BBA op die datum de lijn over. Op [[Dienstregeling concessie KAN Zuid 2003|5 januari 2003]] werden deze de grensoverschrijdende lijnen dan toch geknipt. Lijn 91 werd geknipt in [[Lijn 91 Uden Busstation - Cuijk Station (2003-2016)|BBA -lijn 91 Uden - Cuijk]] en [[Lijn 55 Nijmegen Centraal Station - Cuijk Jan van Cuykstraat|Hermes -lijn 55]].