In de loop van 1999 fuseerden de bedrijven [[Midnet]], [[Oostnet|Oostnet (gedeeltelijk)]], [[NZH]] en [[ZWN-Groep]] tot de nieuwe vervoersonderneming [[Connexxion]]. In alle gebieden waar deze nieuwe onderneming ging rijden vonden daarom (flinke) wijzigingen plaats, zodat niet overal meer dezelfde lijnnummers voorkwamen en dat de vertrek- en aankomsttijden beter in overeenstemming waren met de situatie op de weg.<br>Deze lijn bleef vanaf [[Connexxion Dienstregeling Twente 1999/2000|5 september 1999]] echter zo goed als ongewijzigd rijden.
Op [[Connexxion Dienstregeling Twente 2004|14 december 2003]] werd de frequentie in de middagspits tussen ca. 14:30 en 18:00 in beide richtingen verhoogd naar een kwartierdienst, ten einde extra capaciteit te bieden tussen Enschede en Overdinkel. Tijdens de schoolvakanties bleef de halfuurdienst ongewijzigd bestaan.
Bij aanvang van de nieuwe concessie [[Concessie Twente (2006-2013)|Twente]] op [[Dienstregeling concessie Twente 2006|11 december 2005]] werd lijn 61 ingekort [[Lijn 61 Enschede Centraal - Losser R.K. Kerk|tot Losser]]. Vanwege vele protesten van (met name) reizigers uit Overdinkel ging lijn 61 met ingang van 16 april 2006 weer naar Overdinkel rijden.