Met de invoering van de concessiesystematiek kwam de lijn in de concessie [[Concessie Utrecht-Noordwest|Utrecht-Noordwest]] terecht. De eerste aanbesteding van deze concessie in 2002 werd gewonnen door de [[BBA]]. De exploitatie werd echter de eerste jaren gezamenlijk uitgevoerd door zowel [[Connexxion]] als de [[BBA]].
Bij de start van de nieuwe concessie op [[Dienstregeling concessie AmstellandUtrecht-Meerlanden Noordwest 2003|15 december 2002]] werd de frequentie van maandag t/m zaterdag overdag verhoogd naar een halfuursdienst en alle ritten gingen vanaf Vinkeveen verder rijden naar Mijdrecht. In de avonduren en op zondag vonden praktisch geen wijzigingen plaats, alleen de ritten in de avonduren reden inmiddels tot de Burgemeester de Voogtlaan.
{{RouteTopSpoiler|Voormalige route in Wilnis (''t/m 12-2002'')|
{{RouteRij| {{Rimg|rsr}} | Vinkeveen, Waverbancken}}
Vanaf [[Dienstregeling concessie Utrecht-Noordwest 2005/2006|12 december 2004]] werd voortaan ook tijdens de zomer- en kerstvakantie volgens de normale dienstregeling gereden in plaats van een vakantiedienstregeling. Hiermee werd tegemoet gekomen aan de wensen van de reizigers. In de rest van de route of dienstregeling vonden verder geen wijzigingen plaats.
Per [[Dienstregeling concessie AmstellandUtrecht-Meerlanden Noordwest 2006|28 mei 2006]] trok [[Connexxion]] zich terug van ''lijn 126'' en daarmee werd de exploitatie van deze lijn een volledige aangelegenheid van de [[BBA]]. In Amsterdam werd [[Lijn 126 Amsterdam Station Bijlmer ArenA - Mijdrecht Rondweg (2006-2009)|lijn 126]] op die datum ingekort tot station [[Amsterdam Bijlmer|Bijlmer]]. Reizigers naar station [[Amsterdam Muiderpoort|Muiderpoort]] of elders in Amsterdam konden voortaan gebruik maken van de trein of andere buslijnen. In Mijdrecht werd de route verlengd naar de nieuwe eindhalte ''Rondweg''. Hierbij werd in de spitsuren een lus gereden, waarbij de bus vanaf de halte Dr. Schaepmanplantsoen via de kortste route naar de eindhalte reed en alleen op de terugweg door de woonwijken reed. Buiten de spitsuren werd in beide richtingen door de wijken gereden.