Sinds 30 augustus 2009 exploiteert [[Veolia Transport]] de concessie [[concessie Haaglanden streek|Streekvervoer Haaglanden]]. Lijn 39 hoort echter zowel bij de [[concessie Duin- en Bollenstreek/Leiden Rijnstreek/Midden-Holland]] als bij de Haagse concessie. Voor [[Lijn 45 Den Haag Centraal Station - Leiden Merenwijk|lijn 45]] geldt hetzelfde en in overleg met [[Connexxion]] (de voormalige vervoerder van Haaglanden streek) is besloten dat [[Lijn 45 Den Haag Centraal Station - Leiden Merenwijk|lijn 45]] volledig door [[Veolia Transport]] wordt geëxploiteerd en '''lijn 39''' volledig door Connexxion.<br>
Nieuw daarbij is dat vanaf de overgangsdatum '''lijn 39''' in de avonduren en op zondag direct gekoppeld is aan [[Lijn 48 Voorschoten Hofvliet - Leiderdorp Hubrechtplein|48]].