Tevens rijden in de [[Concessie Stadsvervoer Amsterdam|concessie Stadsvervoer Amsterdam]] nachtbussen rond onder de lijnnummers 348, 352, 353, 354, 355, 357, 358, 359, 361, 363 en 369. Zolang deze nachtlijnnummers niet verdwijnen, zullen er binnen de stadsregio Amsterdam deze nummers niet onder het R-net kunnen vallen.
De R-netlijn in de [[Concessie Zuid-Holland Noord]] tussen Leiden en Zoetermeer heeft het afwijkende nummer [[Lijn 400 Zoetermeer Centrum West - Leiden Centraal Station|400]].
==Toekomstige R-net-lijnen==