Bij de komst van metrolijn 50 in juni 1997 werd deze lijn 48 opgeheven.
De huidige lijn Lijn 48 ontstond in 2001 toen de toenmalige [[Lijn 35 Amsterdam, Molenwijk -Centraal Station|lijn 35]] weer werd geknipt bij het CS door de onregelmatigheid en het gedeelte Sloterdijk - CS voortaan als 48 door het leven ging. Deze lijn reed alleen maandag t/m vrijdag overdag, op de overige tijden reed lijn 49 CS - Zaanstraat. Deze lijn 49 is in 2004 opgeheven en sindsdien rijdt [[Lijn 48 Amsterdam, Sation Sloterdijk - Borneo Eiland|lijn 48 ]] altijd.
Per 1 Januari 2012 rijdt [[Lijn 48 Amsterdam, Sation Sloterdijk - Borneo Eiland|lijn 48]] van Station Sloterdijk via de Spaarndammerbuurt, Westerdokseiland, [[Amsterdam Centraal| Amsterdam Centraal Station]], Kattenburg, Java Eiland, KNSM Eiland, en Sporenburgeiland naar het Borneo Eiland.
