Alle binnenlandse [[intercity|intercitytrajecten]] vallen onder het Hoofdrailnet. Een aantal trajecten die nu alleen door stoptreinen en/of sneltreinen bediend worden, zijn ook aangemerkt als onderdeel van het HRN:<ref name="kbhrn"/>
* [[Spoorlijn Alkmaar - Hoorn]]
* [[Spoorlijn Zwolle - Almelo]](tot eind 2017)
* Den Dolder - Baarn ([[Stichtse Lijn|Stichtse lijn]])
* Maarn - Rhenen ([[Veenendaallijn]])