In de loop van 1999 fuseerden de bedrijven [[Midnet]], [[Oostnet|Oostnet (gedeeltelijk)]], [[NZH]] en [[ZWN-Groep]] tot de nieuwe vervoersonderneming [[Connexxion]]. In alle gebieden waar deze nieuwe onderneming ging rijden vonden daarom (flinke) wijzigingen plaats, zodat niet overal meer dezelfde lijnnummers voorkwamen en dat de vertrek- en aankomsttijden beter in overeenstemming waren met de situatie op de weg.<br>Deze lijn bleef vanaf [[Connexxion Dienstregeling Twente 1999/2000|5 september 1999]] evenwel ongewijzigd rijden.
Op [[Connexxion Dienstregeling Twente 2000/2001|16 juli 2000]] werd de route op een tweetal plaatsen gewijzigd. De bediening van de woonwijk Rigtersbleek kwam te vervallen en de bus reed voortaan via de Kanaalstraat door het havengebied. In Enschede-Zuid reed de lijn niet meer via Bothoven, maar ging voortaan een lusje maken langs het Diekman, zodat de scholieren voor het Scholengemeenschap Zuid met de bus konden reizen. In de dienstregeling kwam de bediening van Boekelo geheel te vervallen na circa 18:30 vanwege de geringere passagiersaantallen.
Op [[Dienstregeling concessie Twente 2006|11 december 2005]] ging de eerste concessie [[Concessie Twente (2006-2013)|Twente]] van start en de huidige vervoerder [[Connexxion]] ging vanaf dan rijden in een bordeauxrode kleurstelling onder de noemer [[Twents]]. Op genoemde datum werden de eindpunten Hogeland van van deze buslijn en Stokhorst van [[Lijn 5 Enschede, Fré Cohenlaan - Winkelcentrum Stokhorst|lijn 5]] omgewisseld. Dit betekende dat [[Lijn 5 Enschede, 't Zwering - Hogeland|lijn 5]] voortaan naar Hogeland ging rijden, terwijl [[Lijn 6 Boekelo Ganzebosweg - Enschede Floraparkstraat|lijn 6]] voortaan naar Stokhorst ging rijden. Op de beide nieuwe routes werd de dienstregeling iets uitgebreid, met name op zondagmiddag. In de rest van de routes vonden geen wijzigingen plaats.