Op [[Midnet Dienstregeling Veluwe 1995/1996|28 mei 1995]] werden diverse lijnnummers in Utrecht enerzijds vernummerd om dubbele nummers te voorkomen binnen één gebied en anderzijds om het lijntype te verduidelijken. De oude [[Lijn 199 Rhenen Herenstraat - Utrecht Centraal Station|lijn 199]] kreeg op deze datum het nieuwe lijnnummer '''249'''. De route en dienstregeling bleven met deze vernummering vrijwel ongewijzigd.
Op [[Connexxion Dienstregeling Utrecht 2001/2002|10 juni 2001]] werd het traject in Utrecht ingekort tot [[Lijn 249 Utrecht Kanaleneiland Zuid - Rhenen Herenstraat|Kanaleneiland Zuid]]. Toegenomen verkeersdrukte met bijkomende vertragingen maakten deze inkorting noodzakelijk. Reizigers voor station [[Utrecht Centraal]] konden hier overstappen op de tram, daarnaast werd in de ochtendspits nog slechts 2x naar Utrecht gereden i.p.v. 3x.