Vermoedelijk vanwege de introductie van [[Interliner]] [[Lijn 391 Leiden Station NS - Haarlem Station NS|391]] werd de frequentie tussen Haarlem en Noordwijkerhout in 1994 teruggebracht naar 1x/uur. Omdat deze op zaterdag en zondag niet reed, werd op deze momenten wel 2x/uur het hele traject gereden.
Op [[Connexxion Dienstregeling Middenwest (Rijn- en Bollenstreek/Leiden 1999/2000)|30 mei 1999]] fuseerden ging de [[ZWN-Groep|ZWN]] op in het nieuw ontstane [[MidnetConnexxion]], tezamen met [[NZH]], [[Oostnet]] en [[ZWN]] tot de nieuwe vervoersonderneming [[ConnexxionMidnet]]. Deze introductie ging gepaard met veel wijzigingen, zo ook voor '''lijn 90'''. Vanwege de lage bezetting werd [[Lijn 391 Haarlem Station - Noordwijk Boekerslootlaan|Interliner 391 (Haarlem - Noordwijk)]] opgeheven. Gelijktijdig werd de frequentie van '''lijn 90''' verhoogd tot een halfuurdienst overdagover het hele traject, zodat er geen verslechtering van het aantal reismogelijkheden ontstond. Op zondag werd alleen de frequentie tussen Den Haag en Duinrell (Wassenaar) verhoogd naar 2x/uur, over de rest van het traject werd dan 1x/uur gereden.
Ondanks veel protest van reizigers is de frequentie van de lijn per [[Concessie Duin- en Bollenstreek/Leiden Rijnstreek/Midden-Holland 2008|dienstregeling 2008]] teruggeschoefd naar 1x per uur.
Met de overgang van de concessie [[Concessie Zuid-Holland Noord|Zuid-Holland Noord]] (de nieuwe naam voor DBLRHM) op [[Concessie Zuid-Holland Noord 2013|9 december 2012]] naar [[Arriva]] werd de lijn flink aangepast. De [[Lijn 90 Den Haag Centraal Station - Nieuw-Vennep Station|lijn]] bleef tussen Den Haag en Noordwijkerhout de oude route rijden, om vervolgens vanaf Noordwijkerhout via station [[Hillegom]] en Hillegom Dorp naar station [[Nieuw-Vennep]] te gaan rijden. Voorts werd de frequentie tussen Nieuw -Vennep en Hillegom op maandag t/m zaterdag verhoogd tot een halfuurdienst. Het verlaten traject tussen station [[Hillegom]] en Heemstede (Haarlem) werd opgenomen in de nieuwe [[Lijn 9 Heemstede Station - Hillegom Station|lijn 9(Hillegom - Heemstede)]]. Deze wordt echter gereden door [[Connexxion]] vanuit de concessie [[Concessie Haarlem-IJmond|Haarlem-IJmond]].
=== Duinrell ===