De eerste lijn 49 werd in september 1965 ingesteld als spitssneldienst tussen Buitenveldert en het Centraal Station.Het was een drukke verbinding omdat het de enige rechtstreekse verbinding was tussen Buitenveldert en het Centraal Station.
In 1972 werd de lijn doorgetrokken naar de Amstelveense wijk Kronenburg en ging toen in twee richtingen rijden voor forensen naar de wijk Kronenburg.
Bij de komst van sneltram 51 in december 1990 werd de lijn opgeheven.
In 1992 verscheen weer een spitslijn 49 nu tussen Station Sloterdijk en Slotervaart ter vervanging van extra ritten op lijn 18.In 1993 werd de lijn doorgetrokken naar station Zuid en een jaar later weer opgeheven.
In 2001 verscheen weer een lijn 49 nu op het traject Zaanstraat-Centraal Station op die tijden dat lijn 48 niet reed (avond en weekeinde).Toen lijn 48 op alle uren ging rijden verviel deze lijn 49 weer.
De huidige lijn 49 ontstond in 2006 toen de verbinding tussen Amsterdam-Zuidoost en Weesp aan het GVB werd overgedragen. Voordien reed hier Connexxion, op het laatst met lijn 177 Diemen - Weesp.
Sinds Bij het ingaan van [[Dienstregeling concessie Stadsvervoer Amsterdam 2012|1 januari 2012, toen ]] werd de dienstregeling van 2012 inging, route in Weesp aangepast. Sindsdien rijdt lijn 49 alleen nog maar van maandag tot en met vrijdag overdag. In Weesp werd er de bus niet meer via door de woonwijk Aetsveld gereden en ook verviel het traject niet meer via het industriegebied industrieterrein en de achterkant van het [[Weesp|Station]]. Hiermee werd Er wordt sindsdien rechtstreeks langs het centrum gereden. Daarnaast vervielen alle ritten in de route in Weesp avonduren en daarmee ook het weekeinde vanwege de reistijdgeringere bezetting. De verbinding Weesp - Amsterdam-Zuidoost kwam daardoor te vervallen, verkortbinnen Amsterdam-Zuidoost reden diverse andere buslijnen als alternatief.----
=== Voormalige routes ===
==== Voormalige route door Weesp (''05-2006 t/m 31-12-2011'') ====