Deze lijn reed al bij [[Westnederland]] in [[WN Dienstregeling 1993/1994|1993]]. De route was destijds nog bijna hetzelfde als nu. Slechts in IJsselstein werd nog via de woonwijk IJsselveld gereden. Toen de [[sneltram]] daar ging rijden ging lijn 106 voortaan via de zuidkant van IJsselstein rijden. Verder werd op maandag t/m zaterdag altijd 1x per 2 uur gereden, met in de spitsuren enkele extra ritten.
Op [[Connexxion Dienstregeling Utrecht 1999/2000|30 mei 1999]] ging de exploitatie over naar [[Connexxion]], waar de route vermoedelijk in stand bleef. Op een later moment werd de route ingekort tot Benschop Gemeentehuis waar aansluiting geboden werd op lijn 195 naar IJsselstein en Utrecht.
Op [[Wijzigingen concessie Provincie Utrecht bus 2009|14 december 2008]] werd de [[Lijn 106 Gouda Station NS - Benschop Gemeentehuis|lijn]] vanaf Benschop verlengd naar [[Nieuwegein Stadscentrum]], waarbij op zaterdag niet verder gereden werd dan IJsselstein. Deze wijziging werd op [[Wijzigingen concessie Provincie Utrecht bus 2012|11 december 2011]] gedeeltelijk ongedaan gemaakt, alle ritten gingen voortaan rijden tussen [[Lijn 106 Gouda Station NS - IJsselstein Binnenstad|Gouda en IJsselstein]].